Đây cũng giống với Duy Thức gia khi nói về Viên Thành Thật: như cho rằng có nhiễm ô y tha và thanh tịnh y tha (duyên khởi của thanh tịnh), thế thì Viên Thành Thật chuyên chỉ cho không tánh. Nếu như không thành lập thanh tịnh y tha thế thì vô lậu đạo đế cũng gọi là Viên Thành Thật (giống như vô vi Bát-nhã). Nhưng các nhà nghiên cứu tánh không họ lấy vô minh làm căn bản của pháp tạp nhiễm, Bát-nhã là căn bản của pháp thanh tịnh. Mà Duy Thức gia nói: lấy vô minh, Bát-nhã làm gốc của mê và ngộ, để kiến lập căn bản y cứ cho pháp tạp nhiễm và thanh tịnh, cho rằng pháp duyên sanh là y tha khởi, còn căn bản y là thức A-lại-da. A-Lại-da làm nơi y cứ của sanh tử tạp nhiễm; cũng do đây mà chuyển từ nhiễm y thành thanh tịnh y. Song Duy Thức học ở thời sơ kỳ, theo (duy tâm bất không) sự lập luận của Kinh điển Đại thừa: thì lấy pháp giới tức chơn như pháp tính làm căn bản của pháp thanh tịnh. Tất cả chúng sanh tuy (đa số) có chủng tử vô lậu là bao hàm trong pháp giới tánh; nhưng khi còn chúng sanh thì chủng tử vô lậu này (không phải A-lại-da thức) ngược lại phụ thuộc vào A-lại-da thức. Khi vô lậu được hiện tiền, chủng tử vô lậu sanh khởi hiện hành vô lậu thì thuộc vào pháp giới. Do đó, Bồ-tát phát tâm Bồ-đề, tu Bồ-tát hạnh tất cả đều nương vào pháp giới; pháp giới tức là nhân tố của thánh pháp. Nhưng về sau này họ càng có khuynh hướng theo hệ Nhất Thiết Hữu bộ, như “Thành Duy Thức luận” v.v… cho pháp vô lậu thanh tịnh được y cứ, thiên về chủng tử trong A-lại-da thức.
Luận này thuộc chơn thường duy tâm luận nên đối với phương diện mê vọng của tạp nhiễm sanh tử (bất giác), từ trong sự thống nhất giữa A-lại-da và vô minh làm nơi y cứ căn bản; đem vô minh làm chính tức nói lấy A-lại-da làm căn bản (trong “kinh A-hàm” nói về A-lại-da, vốn với nhiễm ô chấp trước không thể chia rẽ). Đây đồng với thống nhất được A-lại-da duyên khởi của Duy thức gia với ái phi ái (vô minh) duyên khởi (sự phân chia của hai loại này vốn không phải là nghĩa chính của Phật pháp). Nói đến phương diện giác ngộ và thanh tịnh thì luận này là từ trong sự thống nhất giữa pháp giới (chơn như) với Bát-nhã mà nói làm nơi y cứ căn bản. Giác chính là minh và trí tuệ. Chỉ đơn thuần nói giác thì nhất trí với “Kinh A-hàm”, Không tông v.v… ; chỉ đơn thuần nói pháp giới thì tương hợp với Duy thức học ở thời sơ kỳ. Mà Luận từ sự thống nhất giữa pháp giới với minh giác mà nói, do đó giác lại là bản giác, là với tánh bản giác không lìa pháp giới. Lấy pháp giới làm căn bản, tức Bát-nhã làm căn bản. Đó là nét đặc sắc của Luận.

Từ sự chú trọng của ba loại

Tất cả các pháp có thể quy nạp thành ba loại:
1. Sắc hay còn gọi là vật chất, là vật mà có sự chiếm hữu không gian, có thể chất.
2. Tâm hay thường nói là tinh thần.
3. Lý tánh tức trong Phật pháp gọi là pháp tính, tức chân lý hay chân tướng giữa vật chất và tinh thần.
Ba loại này trong triết học thì tương đương với giới vật chất, giới tinh thần và giới bản thể. Theo “kinh A-hàm” và Đại thừa tánh không thì cho ba loại này là bình đẳng với nhau: