Sự phát triển qúa nhanh của Phật giáo đã gặp sự chống đối của các pháp sư đạo Bon. Sau khi vua Trisong qua đời, một số tướng lãnh, quan lại chịu ảnh hưởng đạo Bon đã nổi loạn giết chết người con của vua Trisong rồi đưa Lang Darma, một người cháu ngoại họ xa của vua lên ngôi.
Lang Darma ban hành ngay một chính sách tiêu diệt Phật giáo. Ông ra lệnh phá hủy mọi chùa chiền, đốt tất cả kinh sách, giết sạch các tăng sĩ và Phật giáo bị cấm đoán triệt để.
Lịch sử Tây Tạng chép rằng một tu sĩ tên Paljor Dorje đang tu thiền trong động đá thuộc dẫy Tuyết Sơn bõng thấy tâm xao xuyến không định được nữa. Tu sĩ quán xét và thấy sự tàn ác của Lang Darma đang đưa Tây Tạng vào một thời kỳ đen tối, Paljor bèn mặc quần áo thụng, đội nón lá màu đen như các pháp sư đạo Bon rồi lên ngựa vào thủ đô Lhassa. Để gây sự chú ý của nhà vua, Paljor đã đứng trước cung điện biểu diễn một điệu múa đặc biệt khiến dân chúng xúm vào xem. Lang Darma nghe ồn ào cũng ra trước bao lơn cung điện nhìn xuống Paljor bèn rút một chiếc cung nhỏ vẫn dấu trong áo bắn một phát xuyên qua tim vua rồi nhảy lên ngựa tẩu thoát. Mặc dù Lang Darma chỉ cai trị có ba năm nhưng ông đã hủy diệt tất cả mọi tu viện, kinh sách đến nỗi sau khi ông chết, khắp Tây Tạng không còn một ngôi chùa, kinh sách hay tăng sĩ nào đủ tài đức có thể phục hồi Phật giáo.
Cái chết của Lang Darma chấm dứt triều đại của dòng họ Gampo vì sau đó các tướng lãnh, tộc trưởng trong triều đình không ai phục ai mà tự động đem quân đội chiếm cứ các vùng đất xưng hùng xưng bá. Giai đoạn phong kiến tự trị này kéo dài cho đến năm 1642 sau Tây lịch mới chấm dứt.
Lịch sử Tây Tạng chép rằng lãnh chúa Khore sau một thời gian trị vì xứ Guge (miền tây nam, giáp ranh với A Phú Hãn ngày nay) đã nhường ngôi cho con trai để xuất gia đầu Phật lấy pháp danh là Yeshe-o. Lạt Ma Yeshe nhận thức rằng nếu không có kinh điển hay các vị cao tăng đạo hành hướng dẫn thì Phật giáo khó có thể phục hồi. Ông cho gởi người vào Ấn Độ học chữ Phạn (Sanskrit) để dịch thuật kinh điển ra Tạng ngữ, ngoài ra ông còn viết thư mời các vị cao tăng Ấn Độ hết sức gian nan và khó khăn vì các chướng ngại thiên nhiên nên rất ít người sống sót. Trong số hàn trăm người gửi đi Ấn Độ chỉ một vài người trở về và chỉ có Rinchen Zangpo lãnh hội được tinh hoa Phật giáo để truyền bá nơi đây.
Rincchen Zangpo là một học giả uyên thâm đã phiên dịch rất nhiều bộ kinh quý giá ra Tạng ngữ, trong đó có bộ Kyangur, hiện được coi như bộ kinh nòng cốt của Phật giáo Tây Tạng.
Ông còn là một hoạ sĩ đại tài, ngoài việc thuyết pháp, dịch kinh để truyền bá tư tưởng Phật học, ông còn vẽ rất nhiều tranh Phật và sáng lập nên một môn phái hội hoạ hết sức đặc biệt. Dưới sự khuyến khích của ông, các bộ môn nghệ thuật Tây Tạng phát triển rất mạnh. Ngoài ra Rinchen Zangpo còn là một kiến trúc sư có tài. Ông đã vẽ kiểu và đích thân trông nóm việc xây cất hơn 108 ngôi chùa tại xứ Guge. Hai ngôi quốc tự Tsaparang và Tholing cũng do chính tay ông đốc thúc xây cất và được coi như những trung tâm Phật giáo quan trọng nhất miền Guge.
Khi đó Phật giáo phát triển rất mạnh ở Ấn Độ, có hàng trăm đại học Phật giáo được mở ra để giảng dạy kinh điển. Đại học nổi tiếng đào tạo được rất nhiều tăng sĩ tài giỏi, giới đức nghiêm mình và Vrikamasila. Sở dĩ đại học này nổi tiếng là nhờ sự hướng dẫn của Đại sư Dipankara Sri Jnan hay còn gọi là Atisha, một học giả vô cùng uyên bác.
Danh tiếng Atisha vang lừng qua đến Tây Tạng. Yeshe-o tin rằng nếu vị này chịu ghé Guge ít lâu để giảng dạy và đào tạo tài năng thì đạo Phật có thể phục hồi được. Ông đã gửi thư mời nhiều lần nhưng lần nào Atisha cũng chối từ vì trách nhiệm trông coi một viện đại học như Vrikamasila rất nặng nề.